تتشكل معظم الكهوف الجوفية بفعل الماء على الصخور. يتدفق الماء من خلال الصخور النفاذة والطيات والشقوق في الأرض، ويحدث تأثير التآكل الكيميائي والميكانيكي على الصخور، حيث يقوم الحمض الكربوني الموجود في الماء بتفكيك بعض الأحجار الكربوناتية مثل الحجر الجيري، وبذلك يتم تشكيل الكهوف الجوفية.
وتختلف أشكال الكهوف الجوفية تبعاً لتركيب الصخور المحيطة ولعملية تأثير الماء عليها، حيث تتكون الكهوف بشكل عام من شبكة من الممرات والغرف التي يتم حفرها من قبل المياه المتدفقة، وقد يحتوي بعض الكهوف على تجويف كبير يشبه الغرفة أو القبة، كما يمكن أن يكون للكهوف العديد من الأشكال والتضاريس الفريدة كالستالاكتيتس والستالاكمايتس وغيرها من التكوينات الجميلة التي يتم تشكيلها بواسطة المياه والمعادن المذابة.
